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Caracterización de la microbiota: ¿dirigida o por arrastre?

By 6 novembre, 2018 No Comments

El conjunto de microorganismos que viven y colonizan un ambiente son conocidos como la microbiota. A nivel genético, para caracterizar la microbiota se utilizan principalmente dos aproximaciones basadas en técnicas de secuenciación de ADN: los marcadores genéticos o la metagenómica.

Para entender la diferencia entre estas dos aproximaciones, vamos primero a imaginar que la microbiota es el mar. La técnica de los marcadores genéticos, sería equivalente a pescar con muchas cañas de pescar en paralelo. El objetivo es ver qué tipo de peces hay en el mar. Por otro lado, la técnica metagenómica sería equivalente a pescar con una red de arrastre. El objetivo es ver todo lo que hay en el mar, puedes pescar no sólo peces, sino también moluscos, mamíferos, algas y algún submarinista despistado.

Volviendo a la genética, los marcadores genéticos son secuencias de ADN que suelen ser universales dentro de un reino taxonómico específico (Bacteria, Arquea, Hongos, etc.). Estos están formados por secuencias conservadas y regiones hipervariables que tienen la capacidad de clasificar taxonómicamente. Entonces, la aproximación basada en genes marcadores es dirigida y busca amplificar mediante PCR regiones cortas de estos marcadores específicos para secuenciarlos. Mientras que la aproximación metagenómica secuencia todo el material genético que se encuentra en una muestra de microbiota.

Cada una de las técnicas tiene sus ventajas y sus inconvenientes. En el próximo post vamos a discutir las principales diferencias para ayudaros a resolver la duda del título!